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Objetivos maiores do PACTI referentes o Sistema Nacional de Ciência e Tecnologia (SNCTI)

1- Busca da excelência nas atividades em ciência e tecnologia em nível internacional
2- Vigorosa integração do Sistema de C&T com o sistema empresarial
3- Melhoria da Educação Científica
4- Maior equilíbrio entre as diferentes regiões do país no que diz respeito a C&T

Os Institutos Nacionais deverão ocupar posição estratégica no Sistema Nacional de Ciência e Tecnologia devido ás seguintes característica:

1- Ter um foco temático em uma área de conhecimento para desenvolvimento a longo prazo;
2- Apresentar uma complexidade maior na sua organização
3- Maior aporte de financiamento

Cada instituto deverá ter um tema ou uma área de atuação definida
Devem estar lastreados em um programa bem estruturado de pesquisa científica ou tecnológica que permita avanços científicos substanciais ou desenvolvimento tecnológico inovador.

Cada instituto será constituído por uma entidade sede e por uma rede de grupos de pesquisa organizados regional ou nacionalmente.

A entidade sede deverá demonstrar que já tem capacidade de alavancar recursos de outras fontes e dispor de espaço físico e infra-estrutura que possibilitem uma caracterização visível do instituto.